Red Bull Salzburg (2009–15)

Sau khi giã từ bóng đá chuyên nghiệp, Kovač trở thành huấn luyện viên của đội 2 FC Red Bull Salzburg, Red Bull Junencies, từ ngày 16 tháng 6 năm 2009 [10] đến ngày 7 tháng 4 năm 2011.[11] Trong mùa giải 2009-10, đội kết thúc ở vị trí thứ 6 [12] và bị loại ở Cup quốc gia Áo tại vòng 2 trong loạt đá luân lưu.[11][13] Trận đấu cuối cùng của ông trên cương vị huấn luyện viên đội là trận hòa 1-1 với SV Seekirchen.[14] Năm 2011, ông được bổ nhiệm làm trợ lý huấn luyện viên của đội một [15] dưới thời huấn luyện viên trưởng Ricardo Moniz. Sau khi Moniz từ chức vào tháng 6 năm 2012, Kovač là một trong những ứng cử viên cho vị trí này. Tuy nhiên cuối cùng ghế huấn luyện viên trưởng đã thuộc về Roger Schmidt, và Kovač rời khỏi Salzburg.

Croatia (2013–15)

U-21

Ngày 21 tháng 1 năm 2013, Igor Štimac, huấn luyện viên trưởng của đội tuyển quốc gia Croatia, tuyên bố rằng Kovač, cùng với em trai Robert là trợ lý huấn luyện viên, sẽ đảm nhiệm vị trí huấn luyện viên trưởng đội U-21 Croatia.[16] Nhiệm vụ của ông là giúp đội tham dự Giải vô địch bóng đá U-21 châu Âu 2015. Theo kết quả bốc thăm, Croatia nằm ở bảng 5 của vòng loại, cùng với Thụy Sĩ, Ukraine, Latvia và Liechtenstein. Trong 4 trận đầu tiên, Croatia giành được 12 điểm tối đa với hiệu số bàn thắng bại là 13-0. Ông đã ra mắt với chiến thắng 5-0 trên sân khách trước Liechtenstein, sau đó có thêm 2 chiến thắng trên sân khách trước Ukraine và Thụy Sĩ.

Đội tuyển quốc gia

Sau khi Croatia thua 3 trên 4 trận cuối cùng vòng bảng của vòng loại World Cup 2014 và chỉ giành được 1 điểm, huấn luyện viên trưởng Štimac bị sa thải. Tuy nhiên vì xếp thứ 2 bảng đấu, Croatia vẫn còn cơ hội tham dự World Cup 2014 nếu thắng trận play-off.

Ngày 16 tháng 10 năm 2013, Davor Šuker, chủ tịch Liên đoàn bóng đá Croatia (CFF), tuyên bố Niko Kovač sẽ tiếp quản vị trí huấn luyện viên trưởng đội tuyển quốc gia Croatia.[17] Hợp đồng được ký 2 năm với Kovač và các trợ lý bao gồm em trai Robert Kovač, Vatroslav Mihačić và Goran Lacković, đến khi kết thúc Euro 2016.[18]

Hai trận đấu đầu tiên của ông trên cương vị huấn luyện viên trưởng Croatia là ở trận play-off vòng loại World Cup với Iceland.[19] Croatia đã đủ điều kiện tham dự World Cup 2014 tại Brasil sau khi giành chiến thắng trong trận đấu play-off với Iceland với tổng tỷ số 2-0 sau 2 lượt.[19][20] Tại World Cup 2014, Croatia thắng 1 trận và thua 2 trận,[21] Croatia bị loại vì chỉ đứng thứ 3 trong bảng.

Ngày 9 tháng 9 năm 2015, CFF sa thải Kovač [22] sau khi Croatia thua 2-0 trước Na Uy tại bảng H vòng loại Euro 2016.[23]

Eintracht Frankfurt (2016–2018)

Kovač được bổ nhiệm làm huấn luyện viên trưởng của Eintracht Frankfurt vào ngày 8 tháng 3 năm 2016.[24] Ông ra mắt Frankfurt trong trận thua 3-0 trước Borussia Mönchengladbach.[25] Câu lạc bộ chỉ có thể kết thúc mùa giải ở vị trí thứ 16, buộc phải chơi trận play-off xuống hạng với 1. FC Nürnberg.[26] Sau trận hòa lượt đi 1-1 trên sân nhà,[27] Kovač giúp Eintracht trụ lại Bundesliga sau khi giành chiến thắng trận lượt về với tỷ số 1-0 nhờ bàn thắng của Haris Seferović [28]. Kovač đã được Giải thưởng Fair Play từ DOSB vì hành động an ủi các cầu thủ của Nürnberg sau thất bại của họ.[29]

Frankfurt kết thúc mùa giải 2016-17 ở vị trí thứ 11, đáng chú ý họ lọt vào Chung kết DFB-Pokal 2017 (cúp quốc gia Đức), trận chung kết đầu tiên của câu lạc bộ kể từ năm 2006, Frankfurt thua 1-2 trước Borussia Dortmund.[30] Mùa giải 2017-18, Frankfurt đã cạnh tranh một vị trí tham dự cúp châu Âu mùa giải tiếp theo.[31][32] Kovač thường sử dụng đội hình 3-4-2-1, tập trung vào sự ổn định khu vực phòng ngự và bên cánh.[33][34] Ông lại đưa Frankfurt đến Chung kết DFB-Pokal 2018 lần thứ hai liên tiếp. Ông đã đánh bại Bayern Munich - đội bóng ông sẽ dẫn dắt mùa sau đó với tỷ số 3-1. Với chiến thắng đó, Kovač đã giúp Frankfurt đạt được danh hiệu đầu tiên kể từ năm 1988.[35][36] Ông kết thúc với thành tích 38 trận thắng, 20 trận hòa và 33 trận thua trong 91 trận đấu.[37] Adi Hütter trở thành người kế vị.

Bayern Munich (2018–2019)

Ngày 13 tháng 4 năm 2018, Bayern Munich thông báo Kovač sẽ kế nhiệm huấn luyện viên Jupp Heynckes kể từ mùa giải 2018-19, với hợp đồng 3 năm kéo dài đến ngày 30 tháng 6 năm 2021.[31] Em trai của Kovač, Robert cũng sẽ theo ông đến Munich để làm trợ lý huấn luyện viên.[38] Kovač đã kết thúc hợp đồng với Frankfurt ngày 30 tháng 6 năm 2018 và Bayern đã phải trả một khoản tiền giải phóng hợp đồng của ông Frankfurt - được báo cáo là khoảng 2,2 triệu euro.[31] Kovač là cựu cầu thủ thứ 4 trở thành huấn luyện viên Bayern Munich, sau Søren Lerby, Franz Beckenbauer và Jürgen Klinsmann.[39] Kovač sẽ là người Croatia thứ 3 là huấn luyện viên của Bayern Munich sau Zlatko Čajkovski và Branko Zebec.[39] Kovač chính thức tiếp quản Bayern vào ngày 1 tháng 7 năm 2018 [31][40] và được giới thiệu chính thức vào ngày 2 tháng 7 năm 2018.[41]

Ngày 12 tháng 8 năm 2018, Kovač đã thắng trận đầu tiên trên cương vị huấn luyện viên của Bayern tại trận tranh Siêu cúp Đức với đội bóng cũ của ông, Eintracht Frankfurt với tỷ số 5-0.[42] Ông đã thắng trận đầu tiên tại Bundesliga với Bayern sau đánh bại 1899 Hoffenheim 3-1 trên sân nhà vào ngày 25 tháng 8.[43] Ngày 19 tháng 5 năm 2019, ông đã dẫn dắt Bayern đến chức vô địch Bundesliga thứ 7 liên tiếp sau chiến thắng 5-1 trên sân nhà trước câu lạc bộ cũ của ông, Eintracht Frankfurt, hơn đội xếp thứ 2 là Borussia Dortmund với khoảng cách 2 điểm. Đây là chức vô địch Bundesliga đầu tiên của Kovač trên cương vị huấn luyện viên.

Ngày 25 tháng 5 năm 2019, Kovač giúp Bayern đánh bại RB Leipzig 3-0 trong trận Chung kết DFB-Pokal 2019. Đó là chiếc cúp quốc gia Đức thứ 2 liên tiếp của Kovač, ông trở thành huấn luyện viên đầu tiên giành cúp 2 năm liên tiếp kể từ khi Felix Magath làm được năm 2005 và 2006, cũng trên cương vị huấn luyện viên Bayern. Kovač cũng trở thành người đầu tiên giành được cú đúp quốc nội cả với tư cách là một cầu thủ và huấn luyện viên tại Đức.[44]

Mùa giải 2019/20, sau 10 lượt trận, Bayern Munich xếp vị trí thứ 4 và sau trận thua Frankfurt 5-1, Niko Kovac bị sa thải.[45]